截至2022年6月，学校拥有国家级特色专业4个，国家级一流专业建设点11个。获得国家教学成果奖4项，国家级线上、线下、线上线下混合式、社会实践及虚拟仿真实验教学一流课程11门，国家级精品视频公开课、精品资源共享课、精品课程、来华留学英语授课品牌课程等4门，国家级实验教学示范中心2个，人才培养模式创新实验区、专业综合改革试点、大学生校外实践教育基地等3个，是教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校.
国家级一流本科专业（11个）：临床医学、护理学、口腔医学、药学、麻醉学、预防医学、临床药学、医学检验技术、康复治疗学、基础医学、医学影像技术
省级一流本科专业建设点（6个）：公共事业管理、应用心理学、生物制药、社会工作、生物信息学、卫生检验与检疫
国家级特色专业（4个）：药学、临床医学、基础医学、护理学。
福建省特色专业（8个）：应用心理学、医学检验、社会工作、临床医学、口腔医学、药学、护理学、预防医学。
国家级专业综合改革试点（1个）：护理学。
福建医科大学直属附属医院
福建医科大学直属附属医院(4张)
福建省专业综合改革试点（7个）：临床医学、药学、预防医学、口腔医学、医学检验、应用心理学。
国家级精品课程（1门）：护理管理学。
福建省精品课程（37门）：护理学基础、卫生统计学、药物化学、口腔颌面外科学、劳动卫生与职业病学、卫生化学、机能学、急救护理学、临床免疫学和免疫学检验、实验诊断学、牙周病学、营养与食品卫生学、预防口腔医学、预防医学基础实验、分析化学、口腔修复学、临床血液学及血液检验、流行病学、内科护理学、外科护理学、外科学、医学微生物学、组织学与胚胎学、儿科学、护理管理学、生理学、卫生毒理学、行政管理学、生物化学、眼科学、药物分析、耳鼻咽喉科学、神经病学、药理学、内科学、人体解剖学、病理学。
国家级实验教学示范中心（2个）：公共卫生与预防医学实验教学中心、护理学实验教学中心。
福建省实验教学示范中心（13个）：计算机基础与医学应用实验教学示范中心、生物信息学专业实验教学中心、公共卫生与预防医学实验教学中心、基础医学专业实验教学中心、心理与行为实验教学中心、药学专业技能实验教学中心、口腔医学实验教学中心、医学技术实验教学中心、护理学实验教学中心、临床技能教学中心、药学实验教学中心、基础医学实验教学示范中心、预防医学实验教学示范中心。 
福建省虚拟仿真实验教学中心（1个）：口腔医学虚拟仿真实验教学中心。
国家级人才培养模式创新实验区（1个）：护理学人才培养模式创新实验区。
福建省人才培养模式创新实验区（8个）：应用麻醉学人才培养模式创新实验区、应用型社会工作人才培养模式创新实验区、“三段式实践型”口腔医学人才培养模式、应用型临床医学人才培养模式创新实验区、复合型医学检验人才培养模式创新实验区、护理学人才培养模式创新实验区、预防医学人才培养模式创新实验区、“应用型”药学人才培养模式创新实验区